وی افزود: مقام معظم رهبری هم این دغدغه را در چندین نوبت در دیدار با مسئولین تذکر دادند؛ به طوری که در جمع‌بندی کلی آن می‌توانیم دریابیم که اولا ما از لحاظ علمی دچار توقف شده‌ایم و به نوعی در جا زده‌ایم که این خطر بزرگی است که در آینده نظام را تهدید خواهد کرد. البته در این امر عوامل مختلفی دخیل بوده که متاسفانه دولت نتوانسته، سیستم آموزشی کشور را سامان دهند تا پیشرفت علمی روبه جلو حرکت کند.
کوچکی‌نژاد در ادامه خاطر نشان کرد: معتقدم که بحث سیاست‌زدگی این وزارتخانه، از دیگر عواملی است که بر کند‌شدن مسیر علمی کشور تاثیر گذاشته است. درواقع در نهایت تاسف افرادی که در منصب‌های مختلف این وزارتخانه انتخاب شده‌اند، افرادی هستند که از جهت ابعاد سیاسی یا با نظام زاویه دارند یا در بحران‌های نظام صحنه را خالی کرده‌اند.
وی با بیان آنکه حاشیه‌سازی‌ها بر روند کار حرفه‌ای وزارتخانه‌ها اثر منفی می‌گذارد، تصریح کرد: حاشیه‌سازی‌ها بر روند کار حرفه‌ای وزارتخانه‌ها اثر منفی می‌گذارد، به طور مثال در قضیه بورسیه و ورود به آن حق افرادی نادیده گرفته و به آنها ظلم شد؛ به طوری که دولت روی این موضوع خیلی مانور داد، حتی شخص رئیس‌جمهور و اطرافیان ایشان به این موضوع ورود پیدا کردند و به حواشی آن افزودند، به نظر می‌رسد برخی در دولت می‌خواهند با برجسته‌سازی مسائل کوچک خطا و اشتباهات کاری خود را پوشش دهند و پنهان کنند.
کوچکی‌نژاد خاطر نشان کرد: به اعتقاد من وزارت علوم در حال درجازدن است. امروز وزیر علوم باید پاسخگو باشد که در این مدت که بر مسند وزارت بوده، چه اقداماتی را انجام داده است؟ آقای فرهادی باید در رابطه با توقف رشد علمی کشور پاسخگو باشند و اینکه چرا هنوز افراد مسئله‌دار در منسب‌های این وزارتخانه حضور دارند؟ به نظر می‌رسد که وزارتخانه در این خصوص پاسخ قانع‌کننده‌ای نداشته باشد.
وی در رابطه با حضور احتمالی معاونین و رؤسای دانشگاه‌ها در انتخابات آتی مجلس اذعان داشت: باید توجه داشت اگر کسانی از معاونین و رؤسای دانشگاه‌ها می‌خواهند در انتخابات آتی به‌عنوان کاندیدای نمایندگی شرکت کنند باید طبق قانون حتما استعفا خود را اعلام کنند؛ اما این مسئله نباید منجر بشود که آنها از ظرفیت دانشگاه‌ها برای اهداف انتخاباتی خود استفاده کنند؛ زیرا در این صورت کمیسیون آموزش و تحقیقات آن را پیگیری و تذکرات لازم را خواهد داد.