برای آشنایی بیشتر با علامه نگاهی گذرا به اعتقاد او به جکومت اسلامی در دوران غیبت خواهیم انداخت. ایشان با اشاره به آیاتی که متضمن تکالیف اجتماعی و لزوم اقامه عبادات از سوی مردم است معتقد بودند چون افراد در پیدایش اجتماع اثر تکوینی دارند برای اداره آن نیز حق دخالت داشته و خداوند آن اثر تکوینی را در مقام تشریع ضایع نگذارده است. علامه می نویسد: نکته ای که لازم است در اینجا مورد توجه قرار گیرد این است که عموم آیاتی که متضمن لزوم اقامه عبادات و انجام حج و اجرای حدود و قصاص و نظایر اینها است روی سخن خود را تنها به پیغمبر ننموده بلکه تمام مؤمنین را مخاطب قرار داده و اجرای این امور را از همه آنان خواسته است. علامه در بخش دیگری و در ادامه پاسخ به این سؤال که عهده دار اداره اجتماع کیست و سیره او چیست؟ می گوید: در هر صورت باید دانست که بدون اشکال در این زمان که پیامبر (ص) وفات نموده و امام (ع) نیز از دیده پنهان است، امر حکومت به دست خود مسلمین است، و این وظیفه آنان است که با در نظر گرفتن روش رسول خدا که روش امامت بوده است‏حاکمی را انتخاب کنند، و این روش غیر از روش پادشاهی و امپراتوری است، در این موقعیت نباید هیچ حکمی از احکام الهی تغییر کند و این وظیفه همه است که در راه حفظ‏احکام خدا کوشا باشند، و اما درباره حوادث روزمره و پیشآمدهای جزئی همان طور که گفتیم، لازم است که حاکم با مشورت مسلمین درباره آنها تصمیم بگیرد» بنابر این از مجموع آیات متضمن تکالیف اجتماعی مردم چنین نتیجه می‏شود که تشکیل حکومت اسلامی ‏به عنوان مقدمه واجب بر عموم مسلمانان لازم است.

البته از منظر این اندیشمند بزرگ اسلامی درباره شکل حکومت و چگونگی آن در شریعت دستوری نیامده و حقا هم نباید وارد شود. زیرا شریعت تنها متضمن مواد ثابت دین است. طرز حکومت با تغییر و تبدیل جامعه‏ها به‏حسب پیشرفت تمدن قابل تغییر است. طرز حکومت های اسلامی را در هر عصر، باید با در نظر گرفتن سه ماده ثابت‏شرع اسلام تعیین کرد: مسلمانان تا آخرین حد ممکن باید در اتحاد و اتفاق بکوشند؛ مرز جامعه اسلامی اعتقاد است، نه مرزهای طبیعی؛ اصل، رعایت و اجرای سیرت و سنت رسول اکرم (ص) است. و با در نظر گرفتن معیارهای فوق جمهوری اسلامی بهترین مدلی بود که آنها را در برداشت.

نکته دیگر در خصوص اینکه چه کسی باید حکومت کند اینکه علامه به قانون طبیعی تمسک جسته و معتقد بود انسان فطرتاً به دنبال آگاهترین، بهترین و عادل ترین فرد است که در اسلام در زمان غیبت، فقیه است. وی در اثبات چنین امری از شیوه فقهی مبنی بر تفویض امر ولایت از بالا استفاده نکرده بلکه استدلالی عقلی و فلسفی دارد. (اندیشه سیاسی علامه طباطبایی ش‏1، ص‏89) بی شک چنین فقیهی علاوه بر مشروعیت مردمی دارای مشروعیت الهی نیز خواهد بود.زیرا منطقی و معقول نیست که مردم به تکالیف اجتماعی از سوی شارع مکلف باشند، اما هیچ گونه حق دخالت و اظهار نظر جهت ایجاد مقدمات و فراهم آوردن زمینه‏های انجام آن تکالیف را نداشته باشند.مگر امکان دارد که برای شارع، امری مطلوب باشد و آن را از مردم بخواهد اما مقدمه آن را نخواهد؟ (رجوع شود به: ترجمه تفسیر المیزان، ج 4، ص 207-211)

در کنار همه ویژگی های برجسته علامه که هر کدامشان به تنهایی برای عظمت یک شخصیت کافی است، یک ویژگی ممتاز در شخصیت او وجود دارد که در کمتر عالمی یافت می شود و آن شاگردپروری است. شاید بتوان شخصیت علامه را از شاگردانش بهتر شناخت. شاگردانی که در وجود هرکدامشان یک یا چند بعد از ابعاد شخصیتی علامه متجلی شده است. در این میان یک نکته مهم درباره مکتب علامه وجود دارد که معمولاً از آن غفلت شده است. نقش محوری علامه و مکتب فکری ایشان در بسترسازی فرهنگی برای نهضت امام خمینی(ره) و شکل گیری و همچنین بقای انقلاب اسلامی، مسئله ای است که به ویژه در شاگردان ایشان بروز بیشتری دارد. حلقه یاران علامه، که عمدتاً شاگردان و ارادتمندان شخصیت بی نظیر تاریخ حضرت امام خمینی بودند، نخستین هسته مرکزی را برای ایجاد یک نهضت فکری پویا گرد این عالم ربانی بوجود آوردند. علامه مقالاتی پیرامون حکومت اسلامی نوشتند و یادآوری کردند که حکومت اسلامی سیاستی توانا دارد و به مسأله «ولایت فقیه» اشاره کردند. حضرت علامه زمانی صحبت از حکومت اسلامی و زعامت روحانیت می کرد که حتی تصور آن از مغزهای بسیاری از روشنفکران هم به دور بود. نیروسازی علامه برای انقلاب تنها محدود به نیازهای قبل از پیروزی نبود. نقش پررنگ شاگردان مکتب علامه در نظام سازی و تدوین ساختارهای جمهوری اسلامی نیز به روشنی قابل رؤیت است. در ذیل تنها به ذکر نام برخی شاگردان بزرگ مکتب علامه بسنده می کنیم:

علامه شهید آیت الله مرتضی مطهری (شهید مبارزه با انحراف)؛ آیت الله دکتر محمد حسینی بهشتی؛(عالمی که به فرموده امام راحل به مثابه یک ملت بود)؛ آیت الله مصباح یزدی (به فرموده رهبر معظم انقلاب پرکننده خلأ علامه طباطبایی و شهید مطهری)؛ آیت الله جوادی آملی (برجسته ترین فیلسوف حال حاضر شیعه)؛ آیت الله سید مصطفی خمینی (پسر ارشد امام که به فرمایش مقام معظم رهبری، خمینی آینده ایران بود)؛ شهید آیت الله دکتر محمد مفتح ( سمبل وحدت حوزه و دانشگاه)؛ شهید دکتر محمد جواد باهنر (شخصیتی بزرگ که ناشناخته ماند)؛ علامه حسن زاده آملی (علامه ذوالفنون حوزه ها)؛ امام موسی صدر (مسیح لبنان)؛ آیت الله عزیز الله خوشوقت (استاد بزرگ اخلاق تهران و درّ پنهان علامه) و شاگردان بسیار دیگری که نامشان در این مجال اندک از قلم افتاده است.