بنی صدر پس از بازشگشت به وطن توانست به واسطه ی سابقه ی انقلابی خود در ششم دی‌ماه۵۸ در اولین انتخابات ریاست جمهوری شرکت کرده و به پیروزی برسد؛ بنی‌صدر مهم‌ترین برنامه‌هایش را وحدت ملی، بازسازی اقتصاد، امنیت و معنویت اعلام کرده بود، اما پس از پیروزی در انتخابات و رسیدن به قدرت با نیروها و نهادهای انقلابی و روحانیون مبارز همانند شهید بهشتی اختلافات جدی پیدا کرد، اودر ستونی در روزنامه خود، اخبار دروغین از وضعیت کشور را به نگارش درمی آورد و به‌گونه‌ای وانمود می‌کرد که رئیس‌جمهور فردی بدون اختیارات است! و در نهایت با نزدیکی به گروه‌های ملی‌گرا و سازمان مجاهدین خلق، اقدام به خیانت در جنگ تحمیلی و طراحی کودتا علیه نظام جمهوری اسلامی کرد به گونه ای که تمامی شواهد و مدارک موجود نشان می دهد که او در سقوط قصر شیرین و خرمشهر دست داشته است؛ بنیان گذار جمهوری اسلامی از ابتدا با بنی‌صدر مخالف بود ولی به دلیل احترام به رأی و انتخاب مردم و آشکار شدن ماهیت و عملکرد او برای همه در ابتدا با او برخورد نکرد و تا حد امکان با او مماشات کرد و تمامی تلاش خود را برای جلوگیری از انحرافات بنی‌صدر بکار بست. اما در نهایت با اقدامات کارشکنانه بنی صدر در جنگ تحمیلی،امام خمینی (ره) فرمان عزل او از فرماندهی کل قوا را صادر کرد و مجلس شورای اسلامی هم با ۱۷۷ نفر موافق و ۱۲ نفر ممتنع و یک نفر مخالف، رأی به عدم‌کفایت سیاسی بنی‌صدر داد و در نهایت بنی صدر چند روز بعد همراه با مسعود رجوی در پوششی زنانه از ایران فرار کرد و به فرانسه باز گشت و در آنجا به همکاری با ضد انقلاب ادامه داد.
سرنوشت بنی صدر هشداری به تمامی مسئولین و سیاسیون کشور است تا به خود مغرور نشده و تمامی تلاش خود را برای خدمت به کار بگیرند همانطور که مقام معظم رهبری نیز در بیانیه گام دوم انقلاب بدان اشاره و تأکید کرده‌اند: «وسوسه مال و مقام و ریاست، حتّی در عَلَوی‌ترین حکومت تاریخ یعنی حکومت خود حضرت امیر‌‌المؤمنین (ع) کسانی را لغزاند، پس خطر بُروز این تهدید در جمهوری اسلامی هم که روزی مدیران و مسئولانش مسابقه زهد انقلابی و ساده‌زیستی می‌دادند، هرگز بعید نبوده و نیست».